서울주택도시공사(SH)가 관할 세무서를 상대로 수백억원대의 법인세 부과를 취소해달라고 소송을 냈지만 1심 재판부가 받아들이지 않았다.

7일 법원에 따르면 서울행정법원 행정5부(당시 부장판사 정상규)는 SH가 관할 세무서를 상대로 "법인세 부과 처분을 취소해달라"고 낸 소송에서 지난달 13일 원고 패소 판결했다.

서울지방국세청은 2013년 1~5월 법인세 정기 통합 조사를 통해 일선 세무서에 'SH에 법인세와 부가세를 부과해야 한다'고 통지했다. 이를 바탕으로 세무서는 부가세 2258억여원과 법인세 479억여원을 부과했다.

과세당국은 ▲2006~2012년 집단에너지 공급사업 사업비 ▲2008~2011 사업연도 임대아파트 수선비 상각범위액 초과 부분 ▲2011 사업년도 연부이자의 이자수익 ▲2008~2012 사업연도 매입처별계산서합계표 불성실 가산 등을 이유로 들었다.

SH는 조세심판원에 부가세와 법인세 부과 처분을 취소해달라고 심판을 청구했다. 조세심판원은 일부 청구를 받아들여 과세표준 및 세액을 결정했다. 법인세는 266억원으로 줄었다. 부가세도 일부 감액됐다.

SH는 2258억원에서 일부 감액된 부분을 포함해 부가세를 모두 취소해달라는 소송을 제기했다. 1심에서 관할 세무서장을 상대로 부가가치세를 취소하라는 판결을 받았지만, 2심에서 패소했다. SH가 상고해 대법원으로 사건이 송부됐다.

SH는 조세심판원에서 기각된 과세 부분도 부당하다며 감액된 법인세 266억원을 취소해달라는 이번 소송도 제기했다.

1심 법원은 과세 당국이 적법하게 법인세를 부과한 것으로 보고 원고 패소 판결했다. SH가 주장한 5가지 쟁점을 모두 심리한 후 재판부는 SH 측 청구가 이유 없다고 봤다.

SH는 1심 판결에 불복해 항소했다.