벤처기업 지정에서 취소된 경우 취소일이 속하는 과세연도에도 조세감면 혜택을 적용할 수 없다는 1심 법원의 판단이 나왔다.

28일 법원에 따르면 서울행정법원 행정4부(부장판사 김정중)는 국내 가상자산 거래소 업비트 운영사 두나무가 세무당국을 상대로 "법인세 경정거부처분을 취소해달라"고 낸 소송에서 지난 6월2일 원고 패소로 판결했다.

두나무는 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(벤처기업법)에 따라 지난 2017년부터 2년간 벤처기업에 해당한다는 확인을 받았다.

하지만 중소벤처기업부(중기부)는 2018년 12월 두나무를 포함한 암호화폐 거래소 4곳을 벤처기업에서 제외하고 벤처기업 확인을 취소하는 처분을 내렸다.

당시 중기부는 '암호화 거래 매매 및 중개업'을 벤처기업에서 제외하는 것을 골자로 한 벤처기업법 시행령 개정안이 국무회의를 통과한 이후 후속 조치로 이같이 처분했다.

두나무 측은 곧바로 벤처기업 확인 취소 처분에 대한 취소를 청구하는 행정소송을 제기했지만 이듬해 6월 1심에서 패소했고 판결은 확정됐다.

두나무는 2020년 8월 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 누락됐다며 법인세 248억여원의 환급을 구하는 경정청구를 제기했다. 하지만 세무당국은 두나무가 벤처기업에 해당하지 않는다고 보고 경정을 거부하자 이번 소송을 냈다.

재판 과정에서 두나무 측은 2018 사업연도 당시 창업벤처중소기업 감면대상에 해당했고, 법인세 납세의무 성립일 기준으로 벤처기업 효력이 남아있었다며 법인세 감면대상에 해당한다고 주장했다.

하지만 재판부는 벤처기업 확인 취소에도 불구하고 여전히 창업벤처중소기업으로서 조세감면 혜택을 적용할 여지가 없다고 판단했다.

재판부는 "세무서로서는 벤처기업 확인 취소일(2018년 12월20일)이 속하는 과세연도에 관한 원고의 법인세를 감면해선 안 된다"며 "더욱이 두나무의 벤처기업 확인 취소처분은 선행판결에 따라 적법한 것으로 확정됐다"고 봤다.

그러면서 "선행판결에서 벤처기업 확인 취소 처분이 취소된 것도 아닌 이상, 원고(두나무)의 2018 사업연도는 이 사건 벤처기업 확인 취소처분일이 속하는 과세연도에 해당한다"고 판시했다.

아울러 "피고(세무서)가 원고에게 법인세 감면에 대한 공적 견해 표명을 했다고 보기 어렵고, 달리 이 사건 처분이 신뢰보호원칙을 위반했다고 보기도 어렵다"고 덧붙였다.