이른바 '산업통상자원부(산업부) 블랙리스트' 사건을 수사 중인 검찰이 유사한 의혹이 불거진 통일부와 과학기술정보통신부에 대해 압수수색에 나섰다.

27일 검찰에 따르면 서울동부지검 기업·노동범죄전담부(부장검사 서현욱)는 이날 오전 9시30분께부터 세종 소재 과학기술정보통신부와 통일부 정부서울청사, 한국과학기술기획평가원, 북한이탈주민지원재단에 대해 압수수색을 진행 중이다.

검찰은 문재인 정부 당시 과기부와 통일부가 산하 공공기관장들의 사표를 강제했다는 의혹과 관련해 직권남용권리행사방해 혐의가 성립되는지를 들여다보고 있다.

국민의힘(당시 자유한국당)은 지난 2019년 3월께 산업통상자원부를 포함해 문재인 정부 중앙행정부처 전반에서 '블랙리스트'를 작성, 전 정권 인사들에 대한 사퇴 종용이 있었다는 취지 의혹을 담은 고발장을 제출했다.

고발장에 따르면 자유한국당은 국무총리실을 비롯해 과학기술정보통신부, 통일부, 교육부 등에서 광범위하게 산하 공공기관 인사들 찍어내기가 있었다고 주장했다.

이번 압수수색에 포함된 한국과학기술기획평가원, 북한이탈주민지원재단 등에서 '사퇴 종용'이 있었다며 홍남기 당시 국무총리실 국무조정실장 등 11명이 고발됐다.

문재인 정부 시절 국책연구원장에서 물러났던 A씨는 앞선 통화에서 "문재인 정부에서 박근혜 정부 블랙리스트를 만들어서 하나씩 처리했다"며 "당시 청와대에서 이미 결정된 사안이라는 이야기가 있었다"고 주장했다.

A씨는 "버텨보려고 했지만 나를 만나주지도 않는 상황에서 예산이나 정책을 어떻게 협의할 수 있겠냐"며 "결국 내가 전화를 걸어 나가겠다고 이야기를 했다"고 말하기도 했다.

한편 검찰은 지난달 13일 산업부 블랙리스트 의혹과 관련해 직권남용권리행사방해 혐의로 백운규 전 산업부 장관에 대한 구속영장을 청구했으나 법원은 이를 기각했다.

이후 검찰은 산업부와 산하 공공기관 직원들을 불러 참고인 조사를 진행하는 등 보강 수사를 진행 중이다.

검찰 관계자는 이날 "현재 수사 중인 산업부 블랙리스트 사건과 관련해 시기와 성격이 유사한 과기부, 통일부 관련 사건을 함께 처리하기 위해 통상의 절차에 따라 필요한 범위에 한정해 압수수색을 실시한다"고 설명했다.